[Brain Tumor] 데이터 설명

1. 대회 데이터

각 독립 사례에는 5자리 숫자로 식별되는 전용 폴더가 있습니다. 이러한 각 "케이스" 폴더에는 DICOM 형식의 각 구조적 다중 파라미터 MRI(mpMRI) 스캔에 해당하는 4개의 하위 폴더가 있습니다.

 

식별 넘버 5자리 숫자가 train 안의 폴더 이름들. 저런걸 말하나 보네요.

 

각 식별 번호 폴더 안에는 다음과 같은 4개 폴더가 있습니다.

그 안에도 이미지로 꽉 차 있어요.

 

• Fluid Attenuated Inversion Recovery (FLAIR)
• T1-weighted pre-contrast (T1w)
• T1-weighted post-contrast (T1Gd)
• T2-weighted (T2)

 

T1Gd 가 바로 T1wCE를 말하는 것 같습니다.

 

위 용어에 대한 설명은 다음 게시글에서 따로 정리하도록 하겠습니다.

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2. RSNA 공식 홈페이지에서 설명된 데이터

 

Imaging Modality and Contrast	MRI     ● Pre- and post-contrast
Annotation Pattern	● 3D VOI(s)
Annotation methodology and structure	Method of annotation     ● Manual Annotation output     ● Spreadsheet (text)     ● Bounding boxes     ● DICOM (e.g., SR DICOM)     ● JSON     ● Proprietary     ● NIfTI Annotation software     ● Not specified Storage, Portability, Interoperability     ● RSNA/Synapse storage (Task 1) and Kaggle (Task 2)
Structure nomenclature and standards	● None (Organizer-specified)
Data use agreement/licensing	● Open Licensing     ● Non-commercial purpose     ● Registration (e.g., the intent of use)     ● References to dataset     ● Versioning
Imaging file and structure set format	● DICOM - metadata/tags (based on individual task)         ○ Proprietary tags     ● NIfTI     ● PNG/JPEG/TIFF     ● Raw data     ● Other
Slice thickness (in mm)	Variable
Characteristics	Resolution (해상도)     ● Original (원본)     ● Downsampled (다운샘플링) Pre-processing (전처리)     ● Standard Normalization (표준 정규화)     ● Histogram Normalization (히스토그램 정규화)     ● Skull stripping (두개골 박리) Burned-in PHI     ● Removed
Other scanner and acquisition parameters,  e.g. MRI field strength	Available but incomplete (missing 0008,0070 Manufacturer)
Timing (in case of serial imaging)	● Timepoint 1, Timepoint 2, etc.     ● In relation to a relevant event         ○ Pre-treatment         ○ Mid-treatment        ○ Post-treatment
Labeler demographics	● Specialty indicated ( 특이사항 표시 )     ● Extract individual (개인정보 추출 )     ● Scope of annotation - multi-institutional         (주석 범위 - 다중 기관)
Responsibilities quality, safety, privacy	Indicated
Monetization (수익 창출)	None

 

* 두개골 박리 : 두개골 박리는 뇌의 이상을 감지하는 과정의 초기 단계 중 하나이다. 뇌의 MRI 이미지에서 비뇌 조직으로부터 뇌 조직을 분리하는 과정이다.

가운데가 skull stripped image (출처 : https://www.analyticsvidhya.com/blog/2021/06/introduction-to-skull-stripping-image-segmentation-on-3d-mri-images/ )

 

RSNA-2021-Brain-Tumor-Challenge-Dataset-Description.pdf

0.05MB

 

아래 링크 통해 가져왔습니다.

https://www.rsna.org/education/ai-resources-and-training/ai-image-challenge/brain-tumor-ai-challenge-2021

Brain Tumor AI Challenge (2021)

 

 

어려운 용어가 많네요..

틈틈히 정리를 하도록 하겠습니다.

 

 

 

데이터 인용 :

U.Baid, et al., “The RSNA-ASNR-MICCAI BraTS 2021 Benchmark on Brain Tumor Segmentation and Radiogenomic Classification”, arXiv:2107.02314, 2021.